L'ultima fase del processo di potabilizzazione consiste nella disinfezione con biossido di cloro, prodotto mediante la miscelazione di acido cloridrico e clorito di sodio in generatori automatici da 650 g ClO₂/ora. Il biossido di cloro rimane a contatto con l'acqua per 10 minuti in due vasche da 200 m³, garantendo la protezione contro contaminazioni microbiologiche.

Successivamente, il pH dell'acqua viene stabilizzato a circa 8,5 con soda caustica prima della distribuzione nell'acquedotto di Como. Infine, l'acqua viene convogliata nei serbatoi per essere pompata nella rete acquedottistica.